Sulla superficie e all’interno dell’organismo umano vivono numerosissimi microbi, che nel loro insieme formano il cosiddetto microbiota. Anche le vie genito-urinarie sono popolate da microrganismi; in condizioni di equilibrio questa convivenza non costituisce un pericolo, anzi, alcuni microbi sono preziosi alleati della salute. I lattobacilli, per esempio, contribuiscono a proteggere l’ambiente vaginale dalla colonizzazione da parte di potenziali patogeni.
A volte il microbiota può andare incontro a rischiose variazioni. Queste condizioni, note come disbiosi, sono caratterizzate dalla riduzione di microbi alleati della salute e dall’aumento di potenziali patogeni. Le vaginosi batteriche, per esempio, sono associate alla riduzione dei lattobacilli e all’aumento di specie di streptococco, stafilococco o Enterobacteriaceae, alla Candida o a Trichomonas. Le infezioni delle vie urinarie ricorrenti sono invece associate alla riduzione dei lattobacilli produttori di perossido di idrogeno e ad aumenti significativi di diversi ceppi di Escherichia coli, spesso portatori di resistenza multipla ai farmaci.